Die Geschichte des Appaloosa Horse Club begann offiziell am 30. Dezember 1938, als Claude Thompson aus Moro, Oregon, nach den Gesetzen Oregons einen Antrag auf die Gründung dieser Gesellschaft stellte. In diesen Papieren sind Claude Thompson als Präsident, Ernest A. Kuck als Vizepräsident, Frank G. Dick als Geschäftsführer und Faye Thompson als Kassierin angeführt. Sie alle waren in Oregon wohnhaft. Francis Haines aus Chico, Kalifornien, wurde in diesem Antrag als Clubhistoriker angeführt. Die Genehmigung dieses Antrages war die Geburtsstunde des Appaloosa Horse Club, der zu dieser Zeit in mehreren unkritischen Publikationen vorwiegend durch den Clubhistoriker, Francis Haines, (für die bis heute die historischen Beweise fehlen) dafür sorgte, dass die legendären Palouse Pferde plötzlich mit den Nez Perce (einem Nachbarstamm der Palouse) in Verbindung gebracht wurden. Obwohl die gefleckten Palouse Pferde bereits einen Namen hatten und unter den Indianern des Nordwestens beinahe 200 Jahre lang als "M‘ amin" bekannt waren, bekamen sie nun den neuen Namen "Appaloosa".

Diese Gruppe an Verantwortlichen änderte sich aufgrund des Zweiten Weltkrieges und dessen Auswirkung auf die nationale Wirtschaft und die Geschäftsaktivitäten im ersten Jahrzehnt nicht. Im September 1947 übersiedelte der Hauptsitz nach Moscow, Idaho, und  George Hatley wurde zum Geschäftsführer bestellt. 1948 waren 400 Pferde registriert und im Juni desselben Jahres wurde in Lewiston, Idaho, die erste nationale Appaloosa Show abgehalten, bei der neue Verantwortliche ausgewählt wurden und dabei auch die Idee endstand, zukünftig bei der jährlichen Show Vorstandsmitglieder zu wählen.

George Hatley blieb 31 Jahre lang Geschäftsführer des ApHC und als er sich 1978 zur Ruhe setzte, waren mehr als 300 000 Appaloosas registriert und der ApHC zum drittgrößten Register aller Leichtpferderassen geworden.

Wie konnte es zu einer solchen Explosion der Zahl der registrierten Pferde kommen?

Ursprünglich hatte der Appaloosa Horse Club laut einer Broschüre, die 1940/41 vom Gründer des Clubs, Claude Thompson, veröffentlicht wurde, folgende Ziele:

1. Aufzeichnungen und historisches Material zu sammeln, das sich auf den Ursprung des Appaloosa  Pferdes bezog.
2. Aufzeichnungen zu führen und die Registrierung von Pferden vorzunehmen, von denen man dachte, dass sie geeignet seien, um einen guten Grundbestand zu garantieren.
3. Die Rasse zu erhalten, zu verbessern und Standardisierungen vorzunehmen

Während des zweiten Weltkrieges war das Interesse am Club eher gering. Der große Aufschwung begann mit der ersten Appaloosa Show 1948 in Lewiston, Idaho. Das war die erste jährliche nationale Show, die damals nur einen Tag dauerte, sich in Folge aber zu einer Veranstaltung entwickelte, die eine ganze Woche dauerte und jährlich an einem anderen Ort stattfand. Anlässlich dieses Ereignisses kamen auch immer neue Mitglieder aus allen möglichen Regionen in den Vorstand, da die Bundesstaaten in mehrere Distrikte eingeteilt wurden, von denen man jeweils Mitglieder wählte.

Um einen klaren Zuchttyp zu definieren, wurden 1948 auch die ersten Zuchtstandards erstellt, ohne eigentlich zu wissen, welchen Zuchtstandart die Palouse Indianer eigentlich verfolgten oder anstrebten.

Ursprünglich wurde jedem Pferd, von dem man dachte es sei geeignet, um einen guten Grundbestand zu garantieren, eine Foundation Nummer gegeben. Pferde, die den Anforderungen des ApHC entsprachen (Farbe am Hintern) bekamen ein Foundation Zertifikat und bildeten den Grundstock des ApHC. Ein vorangestelltes „F“ vor der Registriernummer bedeutete, dass das Pferd zum Foundation Bestand gehörte. Nach der Gründung des Appaloosa Horse Club war das einzige Kriterium, welches angab ob Appaloosa oder nicht, die Farbe. Man registrierte die Pferde nur nach Farbattributen und nicht nach ihrer Gestalt, Leistung, Herkunft, Reinheit der Blutlinie oder irgendeinem anderen Kriterium.

Wenn man die Abstammung der Foundation Pferde untersucht, so findet man in diesem Bestand:  507 Pferde mit der Abstammung Unbekannt x Unbekannt, 52 Pferde bei denen ein Elternteil ein Quarter Horse war, 196 Pferde mit der Abstammung Appaloosa x Unbekannt, 94 Pferde bei denen ein Elternteil ein Vollblut war, 206 Pferde bei denen ein Elternteil ein Araber war und 3 Pferde bekamen eine Foundation Nummer, obwohl beide Eltern reinrassige Quarter Horses waren. Die Nachkommen dieser Pferde wurden wieder in den Foundation Bestand aufgenommen und als Appaloosa x Appaloosa registriert.

Aufgrund der Menge an Pferden unbekannter Herkunft entschlossen sich 1949 die Direktoren des ApHC zusätzlich zum Foundation Register eine Abteilung zu gründen, die eine vorläufige Registrierung für Pferde vorsah, welche einen unbekannten Stammbaum, nur einen registrierten Elternteil oder zwei vorläufig registrierte Elternteile besaßen. Diese Pferde, die nicht zum Foundation Bestand zählten, wurden nun Tentative (vorläufig) registriert und erhielten eine Registrierungsnummer mit einem vorangestelltem „T.“ Produzierten solche Pferde gefleckte Fohlen, konnten sie jedoch wieder im Foundation Bestand aufgenommen werden und erhielten dann eine Nummer mit vorangestelltem „F.“ Das System wurde also sehr kompliziert. Die Foundation Bücher schlossen mit der Nummer F-4932. Danach bekamen Pferde nur mehr eine permanente Registrierungsnummer, der kein Buchstabe vorangestellt war, sofern sie vom Foundation oder von bereits permanent registrierten Eltern abstammten. Pferde unbekannter Herkunft wurden weiterhin Tentative registriert. Zusätzlich gab es noch sogenannte „Pink Papers“, Registrierungspapiere für Pferde, die permanent oder vorläufig registriert wurden, jedoch kein offensichtliches Appaloosa Fellmuster entwickelten. Nach der Entwicklung eines Appaloosa Fellmusters wurden dann wieder reguläre Papiere ausgestellt. Weiters installierte man das Identifikationssystem (ID) für Pferde, welche in Appaloosa Zuchtprogrammen eingesetzt wurden bzw. daraus hervorkamen, aber keine Appaloosa Charakteristika besaßen und bei keiner anerkannten Zuchtorganisation registriert waren. Dem Identifikationsformular mussten 2 Farbbilder und eine komplette Zeichnung der Kopf- und Fußabzeichen beigelegt werden. Andere identifizierende Marker, wie Brände und Narben sollten ebenfalls in der Beschreibung angeführt werden.

Diese Fülle an Möglichkeiten lässt darauf schließen, dass es nur darum ging, möglichst viele Pferde zu registrieren. Mit dieser Zuchtpolitik war es unmöglich das ursprünglich gesetzte Ziel von Claude Thompsons „das Blut der einst berühmten Kriegs- und Büffelpferde des Nordwestens zu erhalten“ durchzuführen (ApHC Broschüre 1940-41). Hinzu kam noch die Tatsache, dass die Zuchtbücher weiterhin nicht geschlossen wurden und weiter Fremdzucht erlaubt wurde. So konnte jeder registrierte Appaloosa wieder mit Fremdrassen gekreuzt werden und die Nachzucht wurde wieder als Appaloosa registriert. Durch diese Zuchtpolitik übten andere Rassen einen immer größeren Einfluss auf den Grundbestand aus.

In den frühen 50er Jahren wurde George Phippen, ein renommierter Western Künstler, vom ApHC beauftragt eine Zeichnung anzufertigen, die den Appaloosa Zuchtstandard illustrieren sollte. Er arbeitete mit Fotos von Showsiegern (Performance und Halter) und wurde vom Ausschuss des ApHC beraten. Nach mehrmaligen Umänderungen wurde die Zeichnung gutgeheißen – das Phippen Pferd wurde als Appaloosa Zuchtstandard angenommen. Diese Illustration war zusammen mit den geschriebenen ApHC Standards und den Niederschriften, die in den Appaloosa Zuchtbüchern veröffentlicht wurden, beinahe dreißig Jahre lang eine Richtlinie für Appaloosazüchter.

1950 wurde der Appaloosa in den USA nach mehreren Jahren der Vorbereitung beim National Association of Stallion Registration Board of Chicago als Rasse anerkannt. Zur Popularität der Rasse trugen die Magazine Appaloosa News und Western Horseman bei. Um den Züchtern bessere Möglichkeiten zu geben, wurden die National Shows immer wieder in verschiedenen Bundesstaaten abgehalten. Ab 1970 wurden ein Dutzend verschiedene Gratispublikationen herausgegeben und verschickt, welche die verschiedenen Stadien der Rasse beschrieben. Es wurde also sehr viel Aufwand betrieben, um die Rasse populär zu machen. Die Entwicklung des Registers war phänomenal und 1971 waren bereits über 150 000 Pferde im ApHC registriert.

Ab 1972 durfte Fremdzucht mit registrierten Pferden von sieben verschiedenen Zuchtverbänden und Registern betrieben werden. Dazu zählten:

1. Appaloosa Horse Club Kanada
2. Jockey Club (Thoroughbred)
3. American Quarter Horse Association
4. Arabian Horse Registry
5. Morgan Horse Club
6. United States Trotting Association (Standardbred)
7. American Saddle Horse Breeders Association

Der Apploosa Horse Club war zu einem großen Unternehmen geworden mit vielen regionalen Clubs, die natürlich auch ihre eigenen Interessen hatten. So kam es zu verschiedenen Meinungsverschiedenheiten und die Notwendigkeit endlich die Zuchbücher zu schließen, war weiterhin kein Thema. Bereits 1957 wollte Cliff McMurtry, vom Mountains and Plains Appaloosa Club die Fremdzucht auf Vollblut und Quarter Horse Pferde beschränken und einen eigenen Standard schaffen, obwohl es schon den Phippen Standard gab. Darauf antwortete der Präsident des Calizona Appaloosa Clubs, R. E. Hawkins, dass man bei einer solchen Beschränkung 75 % der Züchter verlieren würde. Er meinte, man solle es den Züchtern selber überlassen keine falschen Anpaarungen zu machen, den die Kunden würden durch den Preis, den sie für die Appaloosa Pferde gewillt sind zu zahlen, zeigen, ob man richtig gezüchtet hatte.

Hier sieht man sehr gut, dass es vielfach nur um Geld ging und jeder seine eigenen Interessen durchbringen wollte. So wurde der Appaloosa weiterhin unter Vorspiegelung falscher Tatsachen angepriesen. Bis heute liest man in sämtlichen Appaloosa Publikationen vom Kriegspferd der Nez Perce Indianer.

Der Mythos des Indianerpferdes spielte für den Verkauf eine besonders große Rolle, denn viele Leute wollten ein Pferd aus Indianischer Zucht besitzen. Durch die Zuchtpolitik des ApHC war aus diesem Pferd jedoch ein anderes Pferd geworden, das mit diesem Mythos und der indigenen Zucht nichts mehr zu tun hatte. Ohne genaue Kenntnis des Ursprungs und der Entwicklung des Appaloosa Pferdes, konnten Käufer unmöglich feststellen, welches Pferd sie eigentlich besaßen.

Die Probleme, mit denen der Club zu kämpfen hatte, waren mannigfaltig und wohl auch selbst verursacht. Natürlich wollten viele Einfluss auf den Club ausüben. Es kam zu fragwürdigen Bestellungen von Vorstandsmitgliedern, Ungereimtheiten bei der Durchführung von Wahlen, Redeverboten bei Mitgliedertreffen usw.  Das alles hat dem Ruf des ApHC natürlich nachdrücklich geschadet.