Durch die Zuchtpolitik des ApHC entstanden bis heute eine Menge Probleme. So besteht der ApHC heute nur mehr aus einer Sammlung gefleckter und einfarbiger Mischlingspferde oder aus Pferden, die genetisch gesehen reine Quarter Horses sind. Eine Folge davon sind natürlich fallende Preise und Absatzschwierigkeiten. Man sollte den ApHC für diese Politik aber nicht mehr verurteilen, als all jene Züchter, die dieser Politik bereitwillig gefolgt sind.

Der Appaloosa Horse Club wurde von Claude Thompson 1938 gegründet, um das Blut der einst berühmten Appaloosa Kriegs- und Büffelpferde des Nordwestens zu erhalten. Die Ziele des Registers wurden den Mitgliedern an mehreren Stellen mitgeteilt, unter anderem in einem ApHC Pamphlet, das 1940/41 veröffentlicht wurde.

In dieser Publikation steht: „Wir müssen bedenken, dass eine gewisse Farbgebung für die Registrierung notwendig ist, dass aber letztendlich von Fremdzucht abgeraten werden soll und vielleicht überhaupt damit aufgehört werden sollte“. (Anmerkung: Zu diesem Zeitpunkt der Aussage waren grade mal 113 Pferde registriert).

1948 erstellte man die ersten Zuchtstandards, doch die Zuchtbücher blieben weiterhin für Fremdrassen offen.

1950 bei der dritten National Show in Lewiston, Idaho, richtete Bob Peckinpah, mahnende Worte an die Verantwortlichen des Clubs indem er sagte: „Wir müssen wachsam sein und Vorkehrungen gegen jene treffen, die den Appaloosa nicht als Rasse und wofür er steht akzeptieren, und Druck ausüben, um ihn zu einem Quarter Horse, Araber oder Morgan mit Flecken zu machen.“ Doch Peckinpah‘s Worte blieben ungehört und daran änderte auch seine spätere Präsidentschaft, die er dann neun Jahre lang inne hatte, nichts. Die Zuchtbücher für Fremdrassen blieben offen.

1971 waren bereits über 150 000 Pferde im ApHC registriert, doch die Zuchtbücher blieben weiterhin offen.

Ab 1972 erlaubte man Fremdzucht mit registrierten Pferden von sieben verschiedenen Zuchtverbänden und Registern.

In den frühen 1980ern beauftragte der ApHC den berühmten Künstler Orren Mixer, ein neues Appaloosa Ideal zu kreieren. 1981 wurde das neue Appaloosa Ideal enthüllt. Obwohl es ein schönes Kunstwerk war, war der Appaloosa, den es darstellte, sehr verschieden vom ursprünglichen Appaloosa Ideal und ähnelte stark dem idealen Quarter Horse. Durch diese beliebige Veränderung der Zuchtrichtung gab es in den darauf folgenden Jahren wahnsinnig viel Fremdzucht mit Quarter Horses, die dummerweise durch das CPO Programm noch legitimiert wurde.

1994 veröffentlichte eine Appaloosastudie, dass es weniger als 3000 lebende Appaloosas geben würde, deren Eltern, Großeltern und Urgroßeltern alle Appaloosas waren und nicht zu einer anderen Rasse gehörten.

Heute sind mehr als 670.000 Pferde im ApHC eingetragen, wobei zu beachten ist, dass verstorbene Tiere nur selten ausgetragen wurden. Die Zuchtbücher sind nach wie vor offen und auch nach mehr als 80 Jahren Zuchtgeschichte gibt es noch immer keinen Appaloosa, der über 8 Genrationen Appaloosa x Appaloosa gezüchtet ist.

Dass es mit dieser Zuchtpolitik zu Problemen kommen würde war absehbar. Das ursprüngliche Ziel von Claude Thompson wurde nicht erreicht. Die Probleme mit denen der Club heute zu kämpfen hat sind mannigfaltig und wohl auch selbst verursacht. Eine Menge registrierter farbloser Pferde, rückläufige Appaloosaregistrierungszahlen seit 1988 um 78,5% und eine Rückläufigkeit von 57,5% bei den Mitgliedern ist das Ergebnis dieser Zuchtpolitik.

Ein weiteres Problem stellt das Image dieser Pferde dar. Um den Verkauf anzukurbeln, wird nach wie vor versucht ein falsches Bild aufrechtzuerhalten. So wird der Appaloosa weiterhin unter Vorspiegelung falscher Tatsachen angepriesen. Bis heute liest man in sämtlichen Appaloosa Publikationen vom Kriegspferd der Nez Perce Indianer und auf den größten Pferdemessen der Welt wird er nach wie vor als Indianerpferd vorgestellt.

Durch die Zuchtpolitik des ApHC ist aus diesem Pferd genetisch jedoch längst ein anderes Pferd geworden, das mit einem Pferd aus indigener Indianischer Zucht nichts mehr zu tun hat.

Konnte man früher durch einen Mangel an Verständnis von Genetik nur aufgrund der Farbe vielen Käufern etwas vormachen, so kann man heute mit dem Identifikationsmerkmal Farbe allein  nur mehr wenige Leute täuschen.